หลังจากพระราชธรรมโกศล เจ้าคณะจังหวัดอุบลราชธานี (ธรรมยุติ) ได้แต่งตั้งคณะกรรมการไต่สวนและพิจารณาวินิจฉัยข้อเท็จริงเป็นกรณีพิเศษ ตามหนังสือด่วนที่สุดของสำนักพุทธศาสนาแห่งชาติ ให้ตรวจสอบกรณีพระวิระพล สุขผล ฉัตติโก
เมื่อวันที่ 6 ก.ค. ที่วัดไชยมงคล อ.เมือง จ.อุบลราชธานี พระครูจิตวิสุทธิญาณคุณ เจ้าอาวาสวัดไชยมงคล เจ้าคณะอำเภอม่วงสามสิบ ประธานกรรมการไต่สวนมูลฟ้องตามคำสั่งคณะสงฆ์จังหวัดอุบลราชธานี (ธรรมยุติ) ครั้งที่ 1/2556 ได้ประชุมคณะกรรมการโดยพิจารณาประเด็นเกี่ยวกับสถานะปัจจุบันของเณรคำว่าสังกัดวัดใด รวมทั้งสถานภาพปัจจุบันในข้อเท็จจริงการบวชเณร และอุปสมบท ซึ่งจากสำเนาเอกสารใบสุทธิสรุปได้ว่า เณรคำบวชเณรที่วัดภูเขาแก้ว ต.พิบูลมังสาหาร โดยพระครูพิบูลธรรมภาณ อดีตเจ้าคณะอำเภอพิบูลมังสาหารเป็นอุปัชฌาย์ เมื่อก.ย. 2537 และบวชพระที่วัดดอนธาตุ ต.ทรายมูล อ.พิบูลมังสาหาร โดยมีพระครูพิพัฒน์สังฆกร เจ้าอาวาสวัดศรีนวล ต.อ่างศิลา อ.พิบูล เจ้าคณะอำเภอพิบูล เป็นพระอุปัชฌาย์ เมื่อวันที่ 28 พ.ค. 2542
จากการไต่สวนคณะกรรมการพบข้อพิรุธ การออกเอกสารใบสุทธิถึง 2 ครั้งโดยครั้งที่ 2 ออกให้เมื่อวันที่ 12 เม.ย. 2549 สังกัดวัดใต้พระเจ้าใหญ่องค์ตื้อ อ.เมือง จ.อุบลราชธานีโดยมีพระศิริธรรมวงศ์ศาจารย์ เจ้าอาวาสรับรอง และเอกสารสำเนาการรับรองบรรพชา/อุปสมบท ตรงหมายเหตุระบุว่า ได้ย้ายไปเป็นประธานสงฆ์ ณ สำนักวัดป่าขันติธรรม อ.กันทรารมย์ จ.ศรีสะเกษ ระบุวันที่ 12 เม.ย. 2549 ซึ่งเป็นวันเดียวกันกับการออกใบสุทธิ์โดยมีพระปัญจพล จิรวธัม โม และมีพระราชธรรมโกศล เจ้าอาวาสยศปัจจุบัน รับรองสำเนา คณะกรรมการจึงได้เชิญพระราชธรรมโกศล และพระปัญจพล มาให้ปากคำข้อเท็จจริงการออกเอกสารใบสุทธิครั้งที่ 2 ซึ่งทั้งสองยอมรับว่าออกให้จริงโดยจากการตรวจสอบเอกสารสำเนาการรับรองบรรพชา/อุปสมบท เดิมบวชและสังกัดถูกต้องและเณรคำได้อ้างว่าใบสุทธิเก่าหาย คณะกรรมการจึงเตรียมสรุปเพื่อส่งให้คณะกรรมการพิจารณาวินิจฉัยสำนวนการไต่สวนเพื่อตัดสินว่าเณรคำมีสถานะเป็นอย่างไรยังสังกัดวัดใต้พระเจ้าใหญ่องค์ตื้อหรือไม่ในวันพรุ่งนี้(7 กค.)
ขณะที่พระราชธรรมโกศล เจ้าคณะจังหวัด กล่าวว่า ได้ออกให้จริงโดยเณรคำระบุว่าใบสุทธิเก่าหาย ที่ขอเข้าสังกัดวัดและขอออกไปเป็นประธานสงฆ์วัดป่าขันติธรรมเพราะการไปสร้างสำนักสงฆ์ทีสำนักสงฆ์บ้านยาง (วัดป่าขันติธรรม) ยุ่งยาก ก่อนไปได้สั่งให้ไปหาวัดสังกัดและเร่งตั้งวัดให้เรียบร้อยแล้วเสร็จ ซึ่งท่านก็รับปาก
พระราชธรรมโกศลกล่าวอีกว่าเณรคำหลังจากที่ขอออกจากวัดไปเพื่อเป็นประธานสงฆ์ก็ได้เจอกันเป็นครั้งคราวปีละ 1-2 ครั้งเวลาได้รับกิจนิมนต์ ซึ่งก็ได้ถามความคืบหน้าการตั้งวัดซึ่งเณรคำก็บอกว่ายังไม่พร้อมและบอกว่าอยากจะทำมูลนิธิมากกว่า ซึ่งก็ได้บอกไปว่าวัดก็คือวัดและตนเองเป็นเจ้าอาวาสน่าจะถูกต้องเมื่อถามบ่อยครั้งก็บ่ายเบี่ยง
ขณะเดียวกันมีข่าวเณรคำได้บริจาครถฟอร์จูนเนอร์ให้กับพระราชธรรมโกศล เจ้าคณะจังหวัด (ธรรมยุตุ) พระราชโกศล กล่าวว่าเมื่อประมาณปี 2553 หลวงปู่เณรคำได้บอกว่าโยมแม่ได้บริจาคที่ดินเนื้อที่กว่า 27 ไร่ที่บ้านทรายมูลเพื่อทำเป็นสถานปฏิบัติธรรม และได้นิมนต์ไปดู จึงได้ไปดูพบว่ากำลังก่อสร้างใหญ่โตมาก กำแพงก็สูงจากนั้นหลวงปู่เณรคำได้นิมนต์เข้าไปห้องบันทึกเสียงอัดเทปเพื่อสอนธรรมญาติโยม หลังจากจะเดินทางกลับได้ไปขึ้นรถกลับ ซึ่งเป็นยนต์ 4 ประตูสภาพเก่า เมื่อคุณแม่สุนันทา ดีเลิศพันธ์ เห็นก็ทักรถว่านี่เหรอรถเจ้าคณะจังหวัด เณรคำที่ยืนอยู่ใกล้เลยบอกว่าคุณแม่ก็ถวายหลวงพ่อสักคันหน่อยสิให้ท่านได้ใช้บ้าง คุณแม่สุนันทา เลยบอกว่าจะถวายรถ โดยบอกว่าวันที่ 6 ส.ค.จะนำรถมาถวายโดยสั่งผ่าน ร้านเจริญศิลป์ ในตัวเมืองอุบล กระทั่งวันที่ 7 ส.ค. ได้นำรถมาถวายโดยมีขบวนรถทางหลวงนำมีคนจำนวนมากมาทำพิธีถวาย ซึ่งเรื่องนี้ตนเองก็ไม่ทราบว่าเณรคำถวายหรือโยมสุนันทา เป็นคนถวายอยากให้ท่านได้ออกมาพูดความจริงด้วย.
